FigureYa - 让大模型学会科研绘图的外部代码库

💡为什么用 FigureYa？

大模型（如 Claude、GPT）虽然会写代码，但不懂科研绘图的标准。它们画出来的图：

❌ 颜色配色不专业
❌ 坐标轴标签不规范
❌ 图例位置不合适
❌ 字体大小不统一

✅ FigureYa 解决方案

提供现成的、经过同行评审的标准化绘图代码，让大模型直接引用，而不是从头写。
就像给厨师提供了标准食谱，而不是让他自己发明菜。

🤖如何让AI学会绘图

1

告诉大模型 FigureYa 的存在

在提示词中明确告诉大模型，有一个叫 FigureYa 的外部代码库可以引用。

prompt

我想绘制一个火山图（volcano plot）。
你可以参考 FigureYa 项目中的 FigureYa59volcanoV2 模块：
https://github.com/ying-ge/FigureYa/tree/main/FigureYa59volcanoV2

请参考这个模块的代码结构，为我生成一个符合发表标准的火山图代码。

2

大模型自动学习代码结构

大模型会访问你提供的链接，学习 FigureYa 模块的结构：

✅ .Rmd - 主要分析代码
✅ easy_input_*.csv - 输入数据格式
✅ example.png - 参考图片（风格/布局）
✅ *.pdf - 输出结果（矢量图）

3

生成符合标准的代码

大模型会基于 FigureYa 的模板，生成符合发表标准的绘图代码：

✅ 专业配色方案
✅ 规范的坐标轴标签
✅ 合适的图例位置
✅ 统一的字体大小
✅ 可编辑的矢量图输出

💡

关键点：不要让大模型"凭空写代码"，而是让它参考现成的、经过验证的代码。
这就像让学生参考优秀作业，而不是让他们自己瞎写。

📊核心功能

📦 200+绘图模块
火山图、热图、生存曲线等

📝 标准化结构
每个模块都有完整代码+数据

🔍 全文搜索
快速找到需要的模块

📄 矢量图输出
PDF格式，可编辑

🎨 参考图片
每个模块都有风格参考

🆓 完全开源
CC BY-NC-SA 4.0 协议

🗂️模块分类（部分示例）

FigureYa 包含 200+ 个绘图模块，以下是部分常用分类：

分类	模块示例	用途
差异表达	FigureYa59volcanoV2, FigureYa135multiVolcano	火山图、多组火山图
热图	FigureYa9heatmap, FigureYa91cluster_heatmap	表达热图、聚类热图
生存分析	FigureYa1survivalCurve_update, FigureYa36nSurvV3	生存曲线、生存分析
富集分析	FigureYa60GSEA_clusterProfilerV2, FigureYa52GOplot	GSEA、GO富集
网络分析	FigureYa15WGCNA, FigureYa81immune_network	WGCNA、网络图
突变分析	FigureYa18oncoplot_update, FigureYa19Lollipop	Oncoplot、Lollipop图
相关性	FigureYa37correlationV2_update, FigureYa73batchCorrelation	相关性分析、热图
ROC曲线	FigureYa24ROC, FigureYa102multipanelROC	ROC曲线、多组ROC

🔍 常用模块快速搜索：

FigureYa59volcanoV2

FigureYa9heatmap

FigureYa1survivalCurve

FigureYa15WGCNA

FigureYa24ROC

FigureYa25Sankey

FigureYa30nomogram

FigureYa33DCA

📖

完整模块列表：查看全部 200+ 模块 →

🚀快速开始

1

访问全文搜索页面

url

https://ying-ge.github.io/FigureYa/

在搜索框中输入关键词（如 "volcano"、"heatmap"），快速找到相关模块。

2

下载模块代码

方式一：直接在 GitHub 浏览
方式二：下载单个模块（FigureYa-compressed）
方式三：克隆完整仓库

bash

git clone https://github.com/ying-ge/FigureYa.git

3

让大模型学习并生成代码

在你的提示词中，提供 FigureYa 模块的链接，让大模型参考学习。

prompt

我有一个差异表达数据，想画一个火山图。

请参考 FigureYa 的 FigureYa59volcanoV2 模块：
https://github.com/ying-ge/FigureYa/tree/main/FigureYa59volcanoV2

基于我的数据（见附件），生成一个符合发表标准的火山图代码。
要求：
1. 使用 ggplot2
2. 显著基因（p < 0.05, |log2FC| > 1）用红色标注
3. 添加基因标签
4. 输出 PDF 矢量图

⚠️

注意：部分大文件（如大型数据集）可能需要从百度云下载。
加入百度群：979397987 获取下载链接。
说明：以上百度云群信息来自 FigureYa 仓库所有者原始说明，仅作转载标注，非你本人撰写。

🔗相关资源

📦 GitHub 仓库

ying-ge/FigureYa - 完整源码和文档

🔍 全文搜索页面

快速搜索 200+ 绘图模块

📖 Wiki 文档

详细使用说明和教程（中英文）

📄 论文引用

FigureYa: A Standardized Visualization Framework... (iMetaMed, 2025)

📝 引用格式

Xiaofan Lu, et al. (2025). FigureYa: A Standardized Visualization Framework for Enhancing Biomedical Data Interpretation and Research Efficiency. iMetaMed, 1: e70005. https://doi.org/10.1002/imm3.70005

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