# Foundation Skills 当前装箱说明（含本地补充）

## 一、结论

- 本次从上游 `claude-scientific-skills-main/scientific-skills` 共扫描 **134** 个目录。
- 其中 **130** 个上游 skills 进入装箱。
- **4** 个 skills 进入 blocklist：`docx`、`pdf`、`pptx`、`xlsx`。
- 另外从本地 `~/.claude/skills` 补充同步 **44** 个公开 / 科研向 skills。
- 当前 `foundation-skills/` 实际总数为 **174** 个。

## 二、判定规则（保守版）

满足以下条件的，进入当前装箱范围：

1. 上游仓库根级许可证为 MIT，且 skill 子目录内未发现限制性单独许可证；
2. 对本地补充项仅同步公开 / 科研向 skills；
3. 继续保持 blocklist 原样，不将 `docx`、`pdf`、`pptx`、`xlsx` 放入当前商业 ZIP；
4. 打包前执行缓存清理、路径脱敏与显式密钥脱敏。

## 三、当前装箱结构

### A. 上游同步部分（130 个）

以下为来自上游 `scientific-skills` 的装箱项：

- `adaptyv`
- `aeon`
- `anndata`
- `arboreto`
- `astropy`
- `benchling-integration`
- `bgpt-paper-search`
- `biopython`
- `bioservices`
- `cellxgene-census`
- `cirq`
- `citation-management`
- `clinical-decision-support`
- `clinical-reports`
- `cobrapy`
- `consciousness-council`
- `dask`
- `database-lookup`
- `datamol`
- `deepchem`
- `deeptools`
- `depmap`
- `dhdna-profiler`
- `diffdock`
- `dnanexus-integration`
- `esm`
- `etetoolkit`
- `exploratory-data-analysis`
- `flowio`
- `fluidsim`
- `generate-image`
- `geniml`
- `geomaster`
- `geopandas`
- `get-available-resources`
- `gget`
- `ginkgo-cloud-lab`
- `glycoengineering`
- `gtars`
- `histolab`
- `hypogenic`
- `hypothesis-generation`
- `imaging-data-commons`
- `infographics`
- `iso-13485-certification`
- `labarchive-integration`
- `lamindb`
- `latchbio-integration`
- `latex-posters`
- `literature-review`
- `markdown-mermaid-writing`
- `market-research-reports`
- `markitdown`
- `matchms`
- `matlab`
- `matplotlib`
- `medchem`
- `modal`
- `molecular-dynamics`
- `molfeat`
- `networkx`
- `neurokit2`
- `neuropixels-analysis`
- `omero-integration`
- `open-notebook`
- `opentrons-integration`
- `optimize-for-gpu`
- `paper-lookup`
- `parallel-web`
- `pathml`
- `peer-review`
- `pennylane`
- `perplexity-search`
- `phylogenetics`
- `polars`
- `polars-bio`
- `pptx-posters`
- `primekg`
- `protocolsio-integration`
- `pufferlib`
- `pydeseq2`
- `pydicom`
- `pyhealth`
- `pylabrobot`
- `pymatgen`
- `pymc`
- `pymoo`
- `pyopenms`
- `pysam`
- `pytdc`
- `pytorch-lightning`
- `pyzotero`
- `qiskit`
- `qutip`
- `rdkit`
- `research-grants`
- `research-lookup`
- `rowan`
- `scanpy`
- `scholar-evaluation`
- `scientific-brainstorming`
- `scientific-critical-thinking`
- `scientific-schematics`
- `scientific-slides`
- `scientific-visualization`
- `scientific-writing`
- `scikit-bio`
- `scikit-learn`
- `scikit-survival`
- `scvelo`
- `scvi-tools`
- `seaborn`
- `shap`
- `simpy`
- `stable-baselines3`
- `statistical-analysis`
- `statsmodels`
- `sympy`
- `tiledbvcf`
- `timesfm-forecasting`
- `torch-geometric`
- `torchdrug`
- `transformers`
- `treatment-plans`
- `umap-learn`
- `usfiscaldata`
- `vaex`
- `venue-templates`
- `what-if-oracle`
- `zarr-python`

### B. 本地公开 / 科研向补充部分（44 个）

以下为本次新增同步进入销售包的本地补充 skills：

- `ablesci-fulltext-auto-v2`
- `ai-results-html`
- `alphafold-database`
- `biorxiv-database`
- `brenda-database`
- `chembl-database`
- `clinicaltrials-database`
- `clinpgx-database`
- `clinvar-database`
- `cosmic-database`
- `datacommons-client`
- `drugbank-database`
- `ena-database`
- `ensembl-database`
- `expert-review-handoff`
- `fda-database`
- `formal-delivery-package`
- `fred-economic-data`
- `gene-database`
- `gemini-image-api`
- `geo-biomarker-html-report`
- `geo-database`
- `gwas-database`
- `hmdb-database`
- `kegg-database`
- `meeting-transcript`
- `metabolomics-workbench-database`
- `neutral-svg-cover`
- `openalex-database`
- `opentargets-database`
- `paper-2-web`
- `pdb-database`
- `plotly`
- `pubchem-database`
- `public-copy-scrubber`
- `pubmed-database`
- `reactome-database`
- `research-audit`
- `string-database`
- `topic-to-manuscript`
- `uniprot-database`
- `uspto-database`
- `zinc-database`
- `zotero-literature-workflow`

## 四、Blocklist（保持原样）

以下 4 个 skills 继续不进入当前商业 ZIP：

- `docx`
- `pdf`
- `pptx`
- `xlsx`

## 五、说明

精确的当前装箱清单，以以下文件为准：

- `foundation-skills.allowlist.txt`
- `local-foundation-skills.allowlist.txt`
- `foundation-skills.blocklist.txt`
