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name: research-audit
description: 科研项目质量审查清单。当用户需要检查论文、分析脚本、图表或研究结果的质量时使用。涵盖专业术语规范性、统计模型合理性、复合指标定义、公式文献支持、数据范围合理性五大维度的系统性审查。适用于医学研究、孟德尔随机化、临床队列分析、生信分析等场景。
allowed-tools: Read,Glob,Grep,Bash,WebSearch,WebFetch
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# 科研项目质量审查清单 (Research Audit Checklist)

## 目的

对科研项目进行系统性质量审查，覆盖以下五大核心维度：

1. **专业术语规范性** — 术语是否符合国际标准
2. **统计模型合理性** — 模型选择与假设检验是否恰当
3. **复合指标审查** — 指标定义是否清晰、构建是否合理
4. **公式与文献支持** — 公式来源是否可追溯、有文献背书
5. **数据范围合理性** — 图表中的数值是否在生理/统计合理范围内

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## 审查工作流程

### 第一步：收集审查材料

确认用户提供的审查对象：
- [ ] R/Python 分析脚本
- [ ] 论文手稿 / R Markdown 报告
- [ ] 图表文件 (PDF/PNG/SVG)
- [ ] 结果表格 (CSV/Excel)
- [ ] 特定代码段或公式

如果用户未明确指定，主动询问审查范围。

### 第二步：执行五维审查

按以下五个维度逐一检查，每个维度输出结论。

### 第三步：生成审查报告

以结构化格式输出审查报告（见输出格式部分）。

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## 维度一：专业术语规范性

### 检查项

| 编号 | 检查项 | 标准 | 严重程度 |
|------|--------|------|----------|
| T-01 | 疾病名称是否使用 ICD-10/ICD-11 标准编码 | 如 HFpEF (I50.1)、HFrEF (I50.0) | 高 |
| T-02 | 基因/蛋白质命名是否符合 HUGO/UniProt 命名规范 | 基因用斜体大写 (*APOE*)，蛋白质正体 (ApoE) | 高 |
| T-03 | 统计术语是否规范 | OR/HR/RR/β 区分使用，CI 标注为 95% CI | 中 |
| T-04 | 缩写词首次出现时是否给出全称 | 如 MR (Mendelian Randomization) | 中 |
| T-05 | 代谢物名称是否符合 HMDB/KEGG 标准命名 | 如使用 HMDB ID 或 KEGG Compound ID | 高 |
| T-06 | 脑区命名是否符合解剖学标准 (AAL/Desikan-Killiany) | 如 "hippocampus" 而非 "海马区域" | 中 |
| T-07 | 单位表达是否规范 | SI 单位，如 mmol/L 而非 mg/dL（需说明转换） | 中 |
| T-08 | P 值表达是否规范 | P < 0.001 而非 P = 0.000；使用科学计数法 | 低 |

### 常见术语对照表

```
HFpEF = Heart Failure with Preserved Ejection Fraction (射血分数保留型心力衰竭)
HFrEF = Heart Failure with Reduced Ejection Fraction (射血分数降低型心力衰竭)
MR = Mendelian Randomization (孟德尔随机化)
IVW = Inverse Variance Weighted (逆方差加权法)
GWAS = Genome-Wide Association Study (全基因组关联研究)
SNP = Single Nucleotide Polymorphism (单核苷酸多态性)
IV = Instrumental Variable (工具变量)
TAWSS = Time-Averaged Wall Shear Stress (时间平均壁面剪切应力)
OSI = Oscillatory Shear Index (振荡剪切指数)
ECAP = Endothelial Cell Activation Potential (内皮细胞激活潜能)
DTI = Diffusion Tensor Imaging (弥散张量成像)
fMRI = functional Magnetic Resonance Imaging (功能性磁共振成像)
FDR = False Discovery Rate (错误发现率)
BH = Benjamini-Hochberg (BH校正法)
```

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## 维度二：统计模型合理性

### 检查项

| 编号 | 检查项 | 标准 | 严重程度 |
|------|--------|------|----------|
| S-01 | 模型选择是否匹配数据类型 | 连续→线性回归；二分类→Logistic；时间事件→Cox | 高 |
| S-02 | 样本量是否满足模型要求 | 回归：EPV ≥ 10；MR：F > 10 且 SNP ≥ 3 | 高 |
| S-03 | 多重比较校正是否执行 | Bonferroni / BH-FDR / Holm，需说明校正方法 | 高 |
| S-04 | 模型假设是否检验 | 正态性、方差齐性、多重共线性 (VIF < 5) | 高 |
| S-05 | 混杂因素是否充分调整 | 至少调整年龄、性别；敏感性分析验证稳健性 | 高 |
| S-06 | 异质性检验是否执行 | Cochran's Q / I² 统计量；I² > 50% 需讨论 | 中 |
| S-07 | 敏感性分析是否充分 | Leave-one-out、MR-PRESSO outlier test、funnel plot | 中 |
| S-08 | 效应量方向是否一致 | IVW / Weighted Median / MR-Egger 方向应一致 | 高 |

### MR 分析专项检查

```
[ ] 工具变量强度：F-statistic > 10
[ ] 工具变量独立性：LD clumping (r² < 0.001, kb = 10000)
[ ] 排他性假设：MR-Egger intercept P > 0.05
[ ] 异质性：Cochran's Q P 值报告
[ ] 多效性：MR-PRESSO global test
[ ] 方向一致性：Steiger directionality test
[ ] 水平多效性：加权中位数法 vs IVW 结果比较
```

### 中介分析专项检查

```
[ ] 总效应 = 直接效应 + 间接效应（加法分解成立）
[ ] 中介比例 = 间接效应 / 总效应 × 100%
[ ] Bootstrap 次数 ≥ 10,000（推荐 100,000）
[ ] 置信区间使用 percentile 或 bias-corrected 方法
[ ] 三条路径（暴露→中介、中介→结局、暴露→结局）独立估计
```

### 常见统计模型适用条件速查

| 模型 | 因变量类型 | 关键假设 | 最小样本量经验值 |
|------|-----------|----------|----------------|
| 线性回归 | 连续 | 正态、等方差、独立 | n > 10k (k=自变量数) |
| Logistic 回归 | 二分类 | 独立、无多重共线性 | EPV ≥ 10 |
| Cox 回归 | 时间-事件 | 等比例风险假设 (PH) | EPV ≥ 10 |
| 混合效应模型 | 连续/分类 | 随机效应正态 | 组数 ≥ 5 |
| IVW MR | 连续/二分类 | InSIDE, 无方向性多效性 | SNP ≥ 3, F > 10 |
| MR-Egger | 连续/二分类 | InSIDE（更宽松） | SNP ≥ 3 |
| 中介分析 | 连续/二分类 | 无未测量混杂 | N > 500（经验值） |

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## 维度三：复合指标审查

### 检查项

| 编号 | 检查项 | 标准 | 严重程度 |
|------|--------|------|----------|
| C-01 | 复合指标是否有明确的定义公式 | 必须给出数学表达式 | 高 |
| C-02 | 各成分的权重分配是否有依据 | 等权重需说明理由；不等权重需文献支持 | 高 |
| C-03 | 成分之间是否存在多重共线性 | VIF < 5 或相关系数 r < 0.7 | 中 |
| C-04 | 复合指标是否有标准化处理 | z-score 或 min-max 标准化 | 中 |
| C-05 | 是否区分"已建立的复合指标"和"自定义指标" | 已有文献定义 vs 自行构建需重点说明 | 高 |
| C-06 | 敏感性分析是否验证各成分单独效应 | 避免 Simpson 悖论 | 中 |

### 常见复合指标参考

| 指标 | 公式 | 文献来源 | 正常范围 |
|------|------|---------|---------|
| ECAP | OSI / TAWSS | Di Achille et al., 2014 | 与血管区域相关 |
| METS-IR | Ln(2×FPG + TG) × BMI / Ln(HDL-C) | Bello-Chavolla, 2018 | 越高代表越严重 |
| TyG Index | Ln(TG × FPG / 2) | Simental-Mendía, 2008 | >8.5 提示胰岛素抵抗 |
| HOMA-IR | FPG × Fasting Insulin / 22.5 | Matthews, 1985 | <2.5 正常 |
| CHA₂DS₂-VASc | 离散评分 (0-9) | Lip, 2010 | ≥2 需抗凝 |
| SOFA Score | 6 个器官系统评分总和 | Vincent, 1996 | ≥2 定义脓毒症 |
| Framingham Risk Score | 多因素加权 | D'Agostino, 2008 | 10年心血管风险 |

### 自定义复合指标红旗警告

以下情况需特别警惕：
- 未给出构建公式或权重来源
- 成分间存在强相关（r > 0.8）但未讨论
- 标准化方法未说明
- 缺少与已有标准指标的比较验证
- 文章中声称"novel composite index"但无验证队列

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## 维度四：公式与文献支持

### 检查项

| 编号 | 检查项 | 标准 | 严重程度 |
|------|--------|------|----------|
| F-01 | 核心公式是否标注文献来源 | 每个非基础公式需引用原始论文 | 高 |
| F-02 | 公式变量定义是否完整 | 所有变量有单位和取值范围说明 | 高 |
| F-03 | 公式的适用条件/人群是否匹配 | 不同人群参数可能不同 | 高 |
| F-04 | 数学推导是否正确 | 尤其注意对数变换、比值计算 | 高 |
| F-05 | 引用文献是否为原始来源（非二手引用） | 追溯到首次提出该公式的文献 | 中 |
| F-06 | 公式是否经过外部验证 | 是否在独立队列中被复现 | 中 |

### MR 分析常用公式参考

```
# F-statistic（工具变量强度）
F = (R² / k) / ((1 - R²) / (n - k - 1))
  R²: 工具变量解释暴露的方差比例
  k: 工具变量数量
  n: 样本量
  来源: Staiger & Stock, 1997 (Econometrica)

# IVW 估计量
β_IVW = Σ(β_j × w_j) / Σ(w_j)
  w_j = 1 / se_j²
  来源: Burgess et al., 2013 (Genet Epidemiol)

# MR-Egger 截距检验
β_outcome = α + β_causal × β_exposure + ε
  α ≠ 0 → 存在方向性多效性
  来源: Bowden et al., 2015 (Int J Epidemiol)

# 中介效应比例
Mediation% = (β_total - β_direct) / β_total × 100%
  或 = β_indirect / β_total × 100%
  来源: VanderWeele, 2015 (Explanation in Causal Inference)

# Bootstrap 中介效应 CI
  使用 percentile method 或 bias-corrected accelerated (BCa)
  来源: Efron & Tibshirani, 1993
```

### CFD 分析常用公式参考

```
# ECAP（内皮细胞激活潜能）
ECAP = OSI / TAWSS
  来源: Di Achille et al., 2014 (J Biomech Eng)
  ⚠️ 禁止使用自定义综合评分替代此公式

# TAWSS（时间平均壁面剪切应力）
TAWSS = (1/T) ∫₀ᵀ |τ_w| dt
  正常范围: 动脉 1-7 Pa; 静脉 0.1-0.6 Pa
  来源: Malek et al., 1999 (JAMA)

# OSI（振荡剪切指数）
OSI = 0.5 × (1 - |∫₀ᵀ τ_w dt| / ∫₀ᵀ |τ_w| dt)
  范围: [0, 0.5]，0.5 为完全振荡
  来源: He & Ku, 1996 (J Biomech Eng)
```

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## 维度五：数据范围合理性

### 检查项

| 编号 | 检查项 | 标准 | 严重程度 |
|------|--------|------|----------|
| D-01 | 效应量大小是否在合理范围 | MR: OR 通常 0.8-1.2；极端值需解释 | 高 |
| D-02 | 置信区间宽度是否合理 | 过宽提示检验效能不足 | 中 |
| D-03 | P 值分布是否合理 | 避免 P-hacking (P 值集中在 0.04-0.05) | 高 |
| D-04 | 样本量在图表中是否一致 | 不同表格/图中的 N 应匹配 | 高 |
| D-05 | 生理参数是否在正常范围 | 见下方参考范围表 | 高 |
| D-06 | 图表坐标轴范围是否合理 | 避免截断 Y 轴夸大效应 | 中 |
| D-07 | 百分比总和是否为 100% | 分类变量各组比例之和 | 低 |
| D-08 | 小数位数是否一致 | 同一表格内保持统一精度 | 低 |

### MR 分析效应量合理范围

| 指标 | 合理范围 | 红旗阈值 | 说明 |
|------|---------|---------|------|
| OR (IVW) | 0.7 - 1.5 | OR > 3 或 < 0.3 | 极端 OR 需检查弱工具偏倚 |
| β (连续结局) | -0.5 - 0.5 SD | \|β\| > 1 SD | 需检查单位和效应量尺度 |
| F-statistic | > 10 | < 10 | 弱工具变量 |
| I² | 0% - 100% | > 75% | 高异质性需 MR-PRESSO |
| MR-Egger intercept | 接近 0 | P < 0.05 | 方向性多效性 |
| R² (IV) | 0.1% - 5% | > 10% | 可能纳入了强效多效性 SNP |
| 中介比例 | 5% - 80% | > 100% 或 < 0% | 抑制效应或计算错误 |

### 常见生理参数参考范围

| 参数 | 正常范围 | 单位 | 说明 |
|------|---------|------|------|
| LVEF | 55-70% | % | <40% HFrEF; ≥50% HFpEF |
| SBP | 90-139 | mmHg | ≥140 高血压 |
| DBP | 60-89 | mmHg | ≥90 高血压 |
| Heart Rate | 60-100 | bpm | 静息状态 |
| BMI | 18.5-24.9 | kg/m² | WHO 标准 |
| eGFR | >90 | mL/min/1.73m² | <60 CKD |
| HbA1c | 4.0-5.6% | % | ≥6.5% 糖尿病 |
| Total Cholesterol | <5.2 | mmol/L | ≥6.2 高胆固醇 |
| LDL-C | <3.4 | mmol/L | ≥4.1 升高 |
| HDL-C | >1.0 (男), >1.3 (女) | mmol/L | — |
| Triglycerides | <1.7 | mmol/L | ≥2.3 升高 |
| FPG | 3.9-6.1 | mmol/L | ≥7.0 糖尿病 |
| CRP | <3.0 | mg/L | >10 提示感染 |
| NT-proBNP | <125 (心衰排除) | pg/mL | >450(<50岁) 心衰 |
| Hemoglobin | 120-160 (女), 130-175 (男) | g/L | — |
| WBC | 4-10 | ×10⁹/L | — |

### 脑成像参数参考范围

| 参数 | 典型范围 | 单位 | 说明 |
|------|---------|------|------|
| 全脑体积 | 1100-1400 | cm³ | 老年人可 <1100 |
| 海马体积 | 3.0-4.5 | cm³ | 单侧；AD 萎缩 |
| 皮层厚度 | 2.0-3.5 | mm | 区域依赖 |
| FA (DTI) | 0.3-0.8 | 无量纲 | 白质完整性 |
| MD (DTI) | 0.6-1.2 | ×10⁻³ mm²/s | 水分子扩散 |

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## 输出格式

审查完成后，按以下格式输出报告：

```markdown
# 科研项目质量审查报告

**审查日期**: YYYY-MM-DD
**审查对象**: [文件名/项目名]
**审查范围**: [五维全审/指定维度]

## 审查总结

| 维度 | 状态 | 问题数 | 严重程度 |
|------|------|--------|----------|
| 术语规范性 | PASS/WARN/FAIL | N | 高/中/低 |
| 统计模型 | PASS/WARN/FAIL | N | 高/中/低 |
| 复合指标 | PASS/WARN/FAIL | N | 高/中/低 |
| 公式文献 | PASS/WARN/FAIL | N | 高/中/低 |
| 数据范围 | PASS/WARN/FAIL | N | 高/中/低 |

## 详细发现

### [维度名称]
- **[编号]** [状态] [具体描述]
  - 位置：[文件:行号]
  - 问题：[具体问题]
  - 建议：[修改建议]
  - 参考：[文献/标准]

## 修改建议优先级

### 必须修改 (高严重程度)
1. ...

### 建议修改 (中严重程度)
1. ...

### 可选优化 (低严重程度)
1. ...
```

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## 使用示例

### 示例 1：审查 MR 分析脚本
```
/research-audit 01_Scripts/40_2SMR_HFpEF_to_1400_metabolites.R
```

### 示例 2：审查论文图表
```
/research-audit 03_Results/01_Final/Figures/Figure_2_Forest_Plot.pdf
```

### 示例 3：审查特定维度
```
/research-audit --dimension=统计模型 01_Scripts/⑤_批量MR分析.r
```

### 示例 4：审查复合指标定义
```
/research-audit --dimension=复合指标 "ECAP = OSI / TAWSS 这个公式对吗？"
```

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## 注意事项

- 审查以发现问题为目的，不替代同行评审
- 对可疑数值优先查阅原始数据源核实
- 文献引用追溯到原始来源，避免二手引用
- 统计方法争议处标注多种观点，不强制选择
- 图表审查需结合上下文（如亚组分析中的极端值可能合理）
