先准备这 4 项
默认交付 clinResearchKit_1.1.4.tar.gz;Windows 用户可同时收到 clinResearchKit_1.1.4.zip。
购买后会收到形如 CLIN-XXXX-XXXX-XXXX 的专属激活码。
NHANES、GBD、MIMIC、多国老年数据需单独下载并解压到本地目录,再用包内函数登记路径。
建议使用 R ≥ 4.1.0。macOS 如需源码编译,请先装 Xcode Command Line Tools;Windows 请预装 Rtools。
如果你收到的是客户交付包
如果你的订单中同时包含安装包、激活码和客户数据包,建议直接使用客户交付专用说明页,按“安装 → 激活 → 解压数据包 → 运行脚本 → 自检”的顺序一次完成。
下载交付文件
购买后,请从订单交付包或管理员提供的下载入口获取安装包与数据文件。默认安装包文件名为
clinResearchKit_1.1.4.tar.gz;
Windows 用户如果拿到二进制包,也可以直接使用
clinResearchKit_1.1.4.zip。
建议:先把安装包放到 ~/Downloads/ 或一个纯英文目录,
再开始安装。文件名中如果带空格、中文或重复后缀,建议先手工整理成标准文件名。
安装 R 包
如果你拿到的是源码包,推荐直接用下面的命令安装;Windows 用户如果交付的是二进制包,也可以直接安装 zip。
# macOS / Windows / Linux:源码包安装(推荐) install.packages("~/Downloads/clinResearchKit_1.1.4.tar.gz", repos = NULL, type = "source") # Windows:如果交付的是 zip 二进制包,也可以这样安装 install.packages("~/Downloads/clinResearchKit_1.1.4.zip", repos = NULL, type = "binary") # 加载包并确认版本 library(clinResearchKit) packageVersion("clinResearchKit")
R 版本要求:建议使用 R ≥ 4.1.0。若源码安装时报编译错误,macOS 先运行
xcode-select --install;Windows 请先安装
Rtools。
首次加载与依赖检查
大多数核心依赖会在安装包时自动解决;如果你计划直接运行地图、表格或高级图形功能,建议再执行一次依赖检查。
# 加载包 library(clinResearchKit) # 安装全部依赖(推荐) install_deps() # 如只想先装核心依赖 install_deps(include_optional = FALSE)
如果安装后遇到报错:不用先手工整理一堆错误信息,可以直接去看
Kimi 调试说明,
用 kimi_debug_r() 或
kimi_debug_file() 接着修。
配置数据路径
clinResearchKit 不直接内置完整数据库内容。安装完成后,请把你收到的数据文件解压到本地,再登记路径。
# 配置四个数据源路径(根据你实际存放位置修改) locate_data("nhanes", "~/clinResearchKit-Data/NHANES") locate_data("gbd", "~/clinResearchKit-Data/GBD") locate_data("mimic", "~/clinResearchKit-Data/MIMIC") locate_data("elderly", "~/clinResearchKit-Data/Elderly") # 查看当前配置 show_data_paths() # 或使用交互式向导 data_wizard()
数据交付建议:如果后续打算换电脑,最稳的做法是把整个数据根目录原样迁移到新设备,再重新执行一次
locate_data()。
R 端激活(先获取机器码)
clinResearchKit 的标准激活主路径是在 R 中完成。
第一次使用时,先在本机运行 get_machine_id() 获取机器码并发送给管理员;收到专属 CLIN-XXXX-XXXX-XXXX 后,再在 RStudio 或 R Console 中运行激活命令。网页侧不是默认起点。
# 加载包 library(clinResearchKit) # 第一次使用:先获取本机机器码并发送给管理员 get_machine_id() # 收到专属激活码后再执行激活 activate("CLIN-XXXX-XXXX-XXXX") # 查看激活状态 check_license() # 如需从当前机器解除本地授权(换设备前可先执行) deactivate(confirm = TRUE)
当前标准口径:先运行 get_machine_id(),把输出的机器码发给管理员;收到专属 CLIN-XXXX-XXXX-XXXX 后,再运行 activate()。
激活成功后,建议立刻再运行一次 check_license()。
网页侧操作(仅在系统提示时使用)
当前标准激活口径仍是:先在 R 中运行 get_machine_id(),收到激活码后再运行 activate()。
只有在系统明确提示需要浏览器确认、订单页面提供了专属确认链接、或管理员要求处理设备迁移时,才需要进入网页侧继续操作。网页侧主要用于登录账号、查看网页侧绑定状态和处理异常迁移,不替代上面的 R 端激活命令。
- 常规首次激活不需要先进入网页;只有订单或系统明确提示网页确认流程时,才使用购买时对应的账号登录医研AI工具库。
- 如果你收到了专属设备确认链接,登录后按页面提示点击 确认绑定此设备。
- 需要复核网页侧绑定状态时,可进入 个人中心 查看当前设备与授权状态。
- 如果管理员明确要求在网页侧处理旧设备释放,再按页面提示完成后,回到新电脑重新运行
activate("CLIN-XXXX-XXXX-XXXX")。
避免误解:当前默认主流程仍然是“先在 R 中运行 get_machine_id(),收到专属激活码后再运行 activate()”。 网页侧只在系统明确提示、订单页面提供确认链接、或管理员要求处理异常迁移时使用。
安装完成后的自检
第一次安装完成后,建议先做一轮最小自检,确认版本、激活状态与数据路径都已经落地。
library(clinResearchKit) packageVersion("clinResearchKit") check_license() show_data_paths()
看到什么算正常:能返回当前版本号、显示“已激活”状态,并列出你刚刚登记的数据目录,就说明安装与授权已经基本完成。
常见问题
提示 “no permission to write to '/Library/Frameworks/R.framework'”
通常是 macOS 写权限问题。可在终端执行 sudo R 后安装,或检查 R / RStudio 的安装目录权限。
提示 “Installation of package 'xxx' had non-zero exit status”
通常是系统缺少编译工具。macOS 运行 xcode-select --install,Windows 安装 Rtools 后再试。
提示 “无法连接网络” 或依赖下载很慢
可先切换 CRAN 镜像:options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
提示 “机器指纹不匹配” 或旧设备占用
先在旧设备执行 deactivate(confirm = TRUE);如果当前一机一码流程仍无法解决,请先联系管理员。只有在网页侧明确显示旧设备占用时,再登录个人中心按提示处理。
什么时候才需要网页确认?
只有系统或管理员明确提示需要浏览器确认、你收到了专属确认链接、或者需要处理异常迁移时,才需要网页侧操作。日常安装与首次授权,优先还是在 R 中先运行 get_machine_id(),收到专属激活码后再运行 activate()。