直播疑问

21:15 闫旭韬 可以 Mira 1 小英同学 录制 冬玥 可以 21:21 曾医生 1 闫旭韬 可以 Angus-心内科 能 21:34 Angus-心内科 老师，ceRNA网络预测（非肿瘤）过时了吗？ Angus-心内科 嗯嗯，好的，谢谢老师！ Rain丶 期待眼！ 毕波 扒图讲过了吗 蒙蒙 好像没有吧 素问 我在GEO数据库中找到了两个miRNA芯片数据集，一个是小鼠的，一个是人的，二者如何取交集呢？人和鼠的miRNA ID怎么转换？ 应 ceRNA生信文章的核心就是找出一条axis吗？ 应 如果通过预测有多个轴怎么选择？ 应 怎么简单的实验验证？ 素问 好的，谢谢老师解答 应撤回了一条消息 素问 嗯嗯，谢谢，之前不了解同源映射 Angus-心内科 老师，人和鼠的差异基因是不是不能取交集？我记得学习信全书的时候助教老师说过 应 ceRNA的实验是三元两组，做的比较复杂，就怎么简单的实验验证 Angus-心内科 我也是第一次听到同源映射 泔言灏元 跟同源性一样？ 冬玥 还不好养。。。 牛牛 annotation_colors怎么用啊 牛牛 我写了但是颜色还是没变化 牛牛 我说的就是annotation_colors 牛牛 不是annotation_col 牛牛 帮助写了list for specifying annotation_row and annotation_col track colors manually. It is possible to define the colors for only some of the features. Check examples for details. 牛牛 谢谢 牛牛 没报错，但是就是没变颜色 晨曦 colorRampPalette 晨曦 pheatmapcolor参数 晨曦 然后上面 晨曦 调节颜色 晨曦 Specify colors 自定义注释颜色 ann_colors = list( Time = c(“white”, “firebrick”), CellType = c(CT1 = “#1B9E77”, CT2 = “#D95F02”), GeneClass = c(Path1 = “#7570B3”, Path2 = “#E7298A”, Path3 = “#66A61E”) ) pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_colors = ann_colors, main = “Title”) 小英同学 1 Angus-心内科 在的 曉 1 卷卷 老师说出了我的憋屈 小英同学 直播比较爽 小英同学 4T 小英同学 哈哈 收藏夹吃灰 JYSC 好高效啊 小英同学 之前画了一个序列对比热图进化树 小英同学 哈哈 小英同学 嗯嗯 Angus-心内科 讲过 闲观灿烂星河 有高级版的吗 Rain丶 已经错过团购价 冬玥 前段时间1299团购价，我也入手了 Rain丶 那天刚刚不在线呜呜呜 Angus-心内科 老师您代码这么溜，还买吗？哈哈哈哈哈 JYSC 我都原价买的 JYSC 呵呵 冬玥 哈哈哈 应 怎么看这些图有没有意义？ 应 自己做出来的图有没有意义 应 比如生存分析图怎么看？ 应 怎么样是无意义的不能用到文章中 Angus-心内科 老师，您如果只是做表达差异的初筛，好像基础版就可以了，哈哈哈哈 小英同学 哈哈 JYSC 基础班是一年有效吧 JYSC 基础版 Angus-心内科 有可能，哈哈哈，目前每个人都能免费领 小英同学 1 Mira 1 JYSC 1 应 1 Saman 1 蒙蒙 1 Angus-心内科 1 闫旭韬 1 冬玥 2 冬玥 2 冬玥 2 冬玥 2 冬玥 2 毕波 了解到什么程度是1 小英同学 哈哈 应 直接代码分享吧 曉 1.5.。 小英同学 GEO的代码比较简单 小英同学 2 冬玥 2 小英同学 哈哈讲讲吧 冬玥 看来跳不过了~ 冬玥 哈哈哈~ 曉 讲讲讲 小英同学 嗯呢 冬玥 蹲着课程上线 小英同学 就是为了跟老师battle 应 是不是GEO数据库跟TCGA数据库除了下载和清洗别的代码都形同 应 就下载和清洗讲一下可以吗？ 应 GEO的下载和清洗 小英同学 GEO数据比较杂 毕波 下载的测序数据都是FPKM，怎么办 应 好像有很多种芯片，每种芯片都有下载的方法 应 下篇有讲 小英同学 数据太大吧 Angus-心内科 去除了批次了吗？ Angus-心内科 明白了 小英同学 哈哈 小英同学 知道了 FPKM 小英同学 哈哈 冬玥 可你明明说了~ 毕波 networkanalyst网站是可以用FPKM的 小英同学 赶紧这一段把录制关了 冬玥 嘿嘿 毕波 这么大的一个网站 JYSC 不催 小英同学 怎么听不懂怎么讲 哈哈 小英同学 1 冬玥 跟前两天的水果分类差不多是吗？ 22:31 Angus-心内科 明白了 小英同学 嗯嗯 找对象 曉 陈曦老师是属于第一类吗 冬玥 跟水果的差别在呢呢？ Angus-心内科 那这个贝叶斯他怎么算的，就大概看看就行了吗？ 小英同学 也就是说我们需要把基因 变成高低表达 然后变成因子是吗 小英同学 1 曉 1 小英同学 0 小英同学 啊哈哈 曉 会有像四格表那样的使用限制条件吗 冬玥 笑死了 应 能不能在讲这种模型的时候分享一篇用了这种方法的文献 应 用了贝叶斯模型的文献 应 我们医学生信中用了贝叶斯模型的文献 Angus-心内科 贝叶斯模型相关的关键词+疾病 应 不用讲解那篇文献，就感兴趣的人自学 晨曦 pubmed上检索你的领域+贝叶斯 小英同学 老师 好多分析 肿瘤的图 跟 非肿瘤 差别非常大 就像森林图和Lasso啥的 是因为非肿瘤数据的问题吗。 卷卷 晨曦大大间断地渗透一下学习R的逻辑思维及自我解决问题的方法 小英同学 嗯嗯 22:50 卷卷 got it Angus-心内科 老师，请问是不是选的几个测序数据集，用的都是用FPKM处理（或者都用TPM处理），取交集是不是应该也可以，都是同一维度？ 冬玥撤回了一条消息 Angus-心内科 但是有count还是不用FPKM 冬玥 冬玥 老师学习和做事很细腻呀_{怪不得好多童鞋在听你直播前以为你是女生} Angus-心内科 嗯嗯，好滴，谢谢老师！ 小英同学 行 但是最好不用 属于燃烧武魂放大招了 Angus-心内科 老师，FPKM和TPM是不是不能往回转成counts了？不然就不会有这么多问题了，哈哈 木木 错过了贝叶斯 小英同学 好家伙内容最多的讲习营 小英同学 哈哈 闲观灿烂星河 是小数点的吧 冬玥 21天没有一天休息的讲席营 Angus-心内科 嗯嗯，我感觉也不行，哈哈哈哈 闫旭韬 那用linux处理原始数据是可以得到counts 闲观灿烂星河 取了约等于 小英同学 学一下 小英同学 哈哈 小英同学 老师的新课啥时候出啊 小英同学 老师那你学一个新东西的流程是啥呀 小英同学 一顿搜吗 ？ 冬玥 老师，有啥R的大本头吗？ 冬玥 R数据科学？ 冬玥 好！ 小英同学 看完了呢 Mira salute 闫旭韬 新课渗透文献计量吗？ 小英同学 嗯嗯 闫旭韬 感觉文献计量和综述，生信，meta都是可以结合分析的 小英同学 目前无了 卷卷 R也可以替代SPSS用来做临床研究的统计吗 小英同学 点 小英同学 老师再见 卷卷 谢谢老师 冬玥 老师辛苦啦~ 沈