第 38 课 TCGA挖掘分析

第 38 课- SNP 数据及其展示方法

围绕 TCGA挖掘分析 主题整理关键知识点、代码片段与应用场景。

Day_16主课

聚焦本主题的核心概念、常用代码与实操提示,便于快速查阅。

maftools 说明书: 相关主题:maftools.pdf 以后谁用到的oncoplot需要改配色,可以跟我要代码,之前在前三期我们分享过配色改变

#改变oncoplot颜色
vc_cols = RColorBrewer::brewer.pal(n = 8, name = 'Paired')
names(vc_cols) = c(
  'Frame_Shift_Del',
  'Missense_Mutation',
  'Nonsense_Mutation',
  'Multi_Hit',
  'Frame_Shift_Ins',
  'In_Frame_Ins',
  'Splice_Site',
  'In_Frame_Del'
)

#瀑布图
oncoplot(maf = maf,top = 30,colors = vc_cols,fontSize = 1,
         sortByAnnotation = F)

改变配色的话,自己调整最上面的那一行代码就可以了

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