主讲老师第二课：R 语言简介
相信大家对于 R 语言必然不陌生了吧，关于 R 语言，其是一个自由开放的软件，免费、开放源代码，支持各个主要计算机系统。目前 R 已经存在上万个软件包，关于 R 的安装，大家选择适合自己电脑的版本，点击安装，选择默认的参数，即可顺利完成安装过程。安装后获得一个桌面快捷方式，如“R i386 4.0.2”(这是 32 位版本)，如果是 64 位操作系统，可以同时安装 32 位版本和 64 位版本。对初学者这两种版本区别不大， 尽量选用 64 位版本，毕竟这是将来的趋势安装官方的 R 软件后，可以安装 RStudio，平时使用可以使用 RStudio，其界面更方便， 对 R Markdown 格式(.Rmd)文件支持更好。这里注意一点，必须先安装 R，再安装 RStudio，不然会出错的安装好之后，我们来打开 R 界面，R 的界面非常简洁，只有一个菜单栏和一个默认新建的 R Console 控制台。在 R Console 控制台内输入脚本，即可进行运算、绘图和分析。但是，一般来讲，对初学者而言，不建议直接使用 R 来进行分析使用。
关于 RStudio 的安装，必须要先安装 R，再来安装 RStudio。接着我们来讲讲什么是 RStudio。把 RStudio 安装好后，以后每次使用 R 直接启动 RStudio 就可以了。
关于 R 语言与 RStudio 之间的关系，用官方的话来讲呢，RStudio 软 件 是 R 语言的一种集成开发环境（integrated development environment，IDE），可以将许多功能强大的编程工具集成到一个直观、易于学习的界面中。
简单来说，可以理解为 RStudio 是经过化妆后的 R 语言，与 R 软件那朴素的控制台相比较，RStudio 显得更加友善可爱，更加漂亮了，其核心内容还是 R 语言来实现的。下面，打开 RStudio，快速浏览一下其中的四个主要界面：
第一个，左下方的控制台，这与 R 软件的界面是一样的，整个代码流程的运行过程都将在这里进行。介绍一个快捷键，Ctrl+l，快速清空控制台。但是注意一点，不管怎么清空控制台，其运行结果还是在的，并不是清空环境变量，与后面介绍的注意区分第二个，代码编辑器，位于控制台上方，在此我们可以自由的编写代码，我们可以在其中随意删改所需要的代码。当然，在首次打开 RStudio 时并没有显示代码编辑器，点击左上角的图形，选择第一个即可完成第三个，工作空间（Environment）与历史信息（History），展示图中右上角的位置。1）Enviroment 显示所有活动对象，已经有定义的变量、函数都显示在这里。
在后面分析过程中将经常进行查看；2）History 是记录在控制台中运行的所有命令，在这里，以前运行过的命令都显示在这里，而且，不限于本次 RStudio 运行期间，也包括以前使用 RStudio 时运行过的命令。如果有时候被误删代码时可以回看之前的运行记录。
第四个，画图和函数包以及帮助窗口。
1). Files：文件夹目录信息，这里列出了当前项目的目录（文件夹）内容，其中以“.R”或者“.r”为扩展名的时 R 源程序文件，单机某一源程序文件就可以在编辑窗格中打开该文件。
2). Plots：图形的输出界面，如果程序中有绘图结果， 将会显示在这个窗格，因为绘图需要足够的空间，所以当屏幕分辨率过低或者 Plots 窗格太小的时候，可以点击“Zoom”图标将图形显示在一个单独的窗口中，或者将图形窗口作为唯一窗格显示。
3). Packages：显示已安装的 R 扩展包及其文档。
4). Help：查看帮助文档，R 软件的文档与 RStudio 的文档都在这里。
介绍完所有的界面内容后，再来介绍一个小小的知识点。在既往的教材中，包括 R语言的经典教程《R 语言实战》中，往往会教大家使用命令 setwd()来设置工作目录，但是，该过程往往相对繁琐，换了电脑以后，每次都要重新来一遍，而且每次移动文件时需要同时修改路径，一不小心就是一句经典报错内容——“找不到对象”，这个时相当常见的报错内容，这里呢，教给大家另外一个技巧，就是 Rproject。
如果使用 RStudio， 每个分析项目需要单独建立一个“项目”（project）， 每个项目也有一个工作文件夹
下面来设置 Rproject：
1.打开 RStudio，点击红色框中图标
2.点击 New Directory
由于 Rroject 是绑定文件夹的，因此会弹出一个窗口询问是否新建一个文件夹还是
使用已有的文件夹。在此，我们以新建一个文件夹为例：
3.点击 New project
4.Create New Project
在 Directory name 中输入新文件夹名字，在下方的 Create project as subdirectoryof 中选择文件夹的路径。
在此，我们把文件夹新建在桌面上。命名为“fuxian_JLX”，点击 Create Project，即可打开一个新的项目。这样，一个新的 Project 就建立好了。
Rproject 文件主要以这样的图标存在，包括大家从挑圈联靠公众号上下载下来的附件代码，我一般每个内容都会提供这样一个 project 文件。直接点击这个文件，这样就不需要再来设置文件目录了。
下面点击打开 Rproect 文件，通过命令 getwd()来查看当前目录。
getwd()#查看当前工作路径即可以看到我们的工作路径就是我们 Rproject 所在的位置，是不是很神奇呢？
这一点在后续可以帮助我们规避很多的问题下面开始介绍 R 包的安装使用。R 包是由多个函数组成的集合，往往配合有详细的说明和示例内容，R 包可以理解成为软件，刚安装完的 R 语言就好比一台新电脑，只有最基本的功能，即 base 包，而 R 之所以迷人就是因为其拥有丰富的 R 包，特定的分析功能，需要相应的 R 包来实现。比如说大家耳熟能详的作图 ggplot2 包，差异分析 limma 包等等，接下来的课程内容中，基本就是和各种不同的 R 包打交道的过程，因此我们需要进一步学习如何安装不同的 R 包。下面，基于 R 包的不同来源，我们分别介绍一下不同的安装方法。
1.CRAN
CRAN 是一个 R 的存储库，除了数千个不同用户贡献的 R 包的源代码之外，还提供了最新和旧版本的 R 包下载地址。目前而言，大部分的 R 包主要储存在 CRAN 中。
当然，为了方便使用下载，CRAN 在全球提供了各种镜像，我们可以直接从 CRAN的镜像中获取下载链接。下面，以 ggplot2 包为例，我们来介绍几种下载方法。
方法一：可以使用 install.packages 函数从 CRAN 安装 R 包。
install.packages("ggplot2")使用 install.packages 函数，将从 CRAN 镜像上下载源代码，并在您的计算机上本地安装软件包（以及依赖项）方法二：点击 Tools---Install Packages---在 Packages 栏目中输入“ggplot2”---点击“Install”
2.Bioconductor
除了 CRAN 外，另外还有一个和我们生物比较密切相关的储存库，Bioconductor。
Bioconductor 是另一个用于生物信息学的专题库，其中储存有大量生信分析相关的 R 包，提供分析和理解高通量基因组数据的工具，比如我们差异分析中最常用的 limma 包。与上一个讲述的安装方式不同，要从 Bioconductor 安装 R 包，首先需要安装 BiocManager。当然，BiocManager 只需要安装一次。
if(!requireNamespace("BiocManger",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")和刚才的 ggplot2 包一样。首先通过 install.packages("BiocManager")来成功安装 BiocManager 包。
BiocManager::install("limma")接着通过 BiocManager::install("R 包")来进行安装。BiocManager::install("R 包")是指调用 BiocManager 包中 install 函数来进行安装。看下完整的代码：
有时候，受限于网速等各种原因的问题，代码安装过程会出现各种问题，对此，我们可
以使用本地安装的方法，以 limma 包的安装为例：
1). 搜索“limma bioconductor”找到相应的网站，点击进入网站2).在 Package Archives 中选择相应的版本，大家根据自己电脑的类型进行相应的下载3). 与之前 CRAN 下载的不同，把 Install from 选择改为第二个选项“PackageArchive File (.tgz; .tar.gz)”，然后点击 Browse 选择刚下载的文件“limma_3.46.0.tar”，随后点击 Install，即可完成安装。
除此之外，我们会发现一些新的 R 包都不在这两个里面。有些新的 R 包作者会上传到 Github 网站上，这时候就需要通过其他的方式来进行下载。不过，对于GitHub 上 R 包的安装，网速会比较受限，对于这样的包， 安装方法举例如下：
其中 kjhealy 是 Github 网站的某个作者的名称，socviz 是该作者名下的一个 R 扩展包。
接下来说说 R 包更新。在 RStudio 中用“Tools–Check for Package Updates”菜单，可以显示有新版本的扩展包，并选择进行更新，或者在命令行用如下命令更新本地安装的所有有新版本的 CRAN 扩展包这里的代码注意一下，第一句内容options(repos=c(CRAN="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))，这句话是对 CRAN 网站设置了一个国内的镜像，这里设置的是清华大学的镜像，镜像的设置会比直接下载安装快很多，尤其是后面有遇到一个包有 500 多 MB 大小的时候；此外，RStudio 在运行时会载入某些包， 如 rlang， 这使得 RStudio 无法更新这些包，需要在 R 的命令行程序中更新。虽然这里讲了 R 包的更新，但是，一般情况下不建议更新，还有，在安装过程中，询问是否更新，都是选择 no。一个小规律：在R 语言里面，问是否一般都回答否，除非回答了否报错了，回过头来再选是，能解决 95%以上的问题。而在如果直接学习 Linux 系统语言时，问是否，一般选择是，这两个是个区分点。后面再使用过程中可以体会一下，因为一旦回答是，会把所有包都下载安装一遍，包速度很慢还有可能失败。
另外，讲几个注意事项：
1).library()是检验 R 包安装成功的金标准，在安装过程中，会出现一大串红色的字，不要慌，有兴趣的可以看看，没兴趣的也可以不看，这是作者给的里面的一些相关信息。安装完成后，大家可以通过 library(包的名称)来快速判断是否安装成
功，比如 library(ggplot2)：
运行后顺利下一行顺利出现了大于号>，那就是安装成功了；2). R 包第一次使用时需要安装，以后每次使用直接加载即可，包只需要安装一次，当每次使用都需要通过 library 来加载；3).并不是安装了 R 包就不需要写代码了，R 包只是提供一个便捷，不代表就需要写代码，我们需要学习其中各种函数的使用方法。关于 R 包安装，提供给大家一个代码（packages.R），大家回去后这里面的代码运行，把后面课程中会遇到的各种 R 包提前安装。
同时，给大家介绍两个常用的镜像设置。在安装过程中，我们可以先根据包的来源，
设置一下镜像：
改变乱码的方式选择 UTF-8，重新打开一下。
彩蛋雪球说生信 | 生信中的R包该怎么安装？
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