主讲老师第三十四课：PPI网络
首先，自然是大家最熟悉的 PPI 网络（PPI.zip），我们来看一下如何进行蛋白蛋白互作网络的分析。
同样，首先将差异分析得到的结果读取进来。
1.STRING 数据库文件准备
根据 logFC 和 padj 的阈值，将显著差异表达基因进行提取并保存
2.Cytoscape 注释文件准备
同时，我们需要将差异基因所对应的 logFC 值以及 padj 提取，作为后续 Cytoscape 软件注释的输入文件
3.STRING 数据库的使用
1).进入官网 https://string-db.org/2).选择左侧 Multiple proteins把目录中 significantly differential expression genes.txt 文件里的基因名粘贴到右侧 List of Name里，下拉 Organism 找到 Homo sapiens，最后点击 SEARCH。
3).等待网络映射，点击继续 CONTINUE；4).修改交互数目后点击 UPDATE；5).下载文本 string_interactions.tsv 到目录下；
4.Cytoscape 教程
1).于 Cytoscape 官网 https://cytoscape.org/下载并安装该软件；2).打开 Cytoscape在顶上菜单栏 File -- Import -- Network from File，选中 STRING 上下载来的string_interaction.tsv 文件3).点击 ok 导入网络；4).产生基本网络图像；5).导入基因注释文件在顶上菜单栏 File -- Import -- Table from File，选中前面保存的 gene_diff.txt 文件，点击 open6).对 Style 中的 Fill color 和 Shape 进行赋值将颜色暗 logFC 大小展示，将圆的大小按 p 值比例大小变化，最终，得到结果7).导出结果这样，整个 PPI 网络就构建完成了。