主讲老师第四十四课：xCell 分析
接着，再来看两个相对简单的分析方法，首先，第一个 xCell 分析。xCell 分析是基于ssGSEA 而进行免疫细胞评估。关于 xCell，有他对应的网页 https://xcell.ucsf.edu/ 同时，我们也可以使用 R 进行 xCell分析。注意，xCell 生成的是富集分数，而不是百分比，这意味着它的主要用途是在样本之间进行比较，而不是在细胞类型之间进行比较。下面，我们来看下如何进行
xCell 分析评估免疫细胞浸润水平
1. 准备工作
1.1 安装依赖包
首先，正式安装 xCell 前，需要把这些依赖包安装好。
1.2 安装 xcell
对于 xCell 包的安装，提供两种方法。
方法一：从 Github 进行安装
方法二：本地安装
如果网速不好的话，也可以下载后解压到当前工作目录下，然后使用代码进行本地安装。
注意，和其他地方来源的不一样，是下载解压后文件夹放在当前目录下安装完成后，读取相应的 R 包。
2. 数据读取与分析
将表达矩阵读取进来以后，其中表达矩阵应该是基因在行，样本在列。
使用 xCellAnalysis() 函数即可完成分析
其中包含了 67 种不同免疫细胞类型的富集分数，注意，根据前面的介绍，xCell 计算使用的是表达水平的排名，而不是实际值，而且产生的 score 千万不要归一化，否则会造成一些错误的解释最后，将运行得到的结果进行保存。