主讲老师第四十五课：-MCPcounter 分析
接下来，再介绍一种免疫细胞浸润分析方法---MCPcounter 分析，该分析可以利用转录组数据量化组织中 8 个免疫细胞和 2 个基质细胞的丰度，在不需要“绝对分数"的情况下，比如临床实验，”相对分值“可以用来推断对照组与实验组或实验组随时间变化的免疫成分变化倍数，这种情况下可以用 MCP-counter。注意了，这个分析主要针对转录组数据，因此，GEO 的芯片数据慎用。下面，我们来看下
MCPcounter 分析的方法。
1. 准备工作
1.1 R 包的安装与读取
同样的，关于这个包（MCPcounter-master.zip）的安装，提供两种安装方法：
方法一：从 Github 进行安装
方法二：本地安装
接着，读取 R 包。
1.2 相关文件的准备
关于这个包的分析，还需要另外两个对应的文件，我一并放在这个压缩包里面了，MCPcounter-master文件夹的 Signatures 文件夹下。
分别读取 genes 和 probesets 两个文件，用于后续分析过程的输入文件
2. 数据读取与分析
读取表达数据后，使用 MCPcounter.estimate() 函数进行评估免疫细胞浸润水平，其中，第一个参数输入转录组数据，参数 featuresType 表示确认转录组基因名字的类型，而参数 probesets 和 genes 分别是前面准备好的输入文件最后，将运行结果保存在当前目录下，两个包的使用都相对比较简单，而且，免疫细胞的类型也被越分越细，不管是在线网站，还是 CIBERSORT 和 ssGSEA 等方法，我们都可以快速获得肿瘤组织中免疫细胞浸润情况，然而，面对着数十种免疫细胞水平的改变，除了那数值的高高低低，仍不知道其到底属于何种免疫学特征