答疑补充 027

第 29 课 · 答疑与补充

GO分析|聚焦本课答疑、作业提醒、报错排查与方法补充

说明:本页汇总与本课相关的答疑、作业提醒、报错排查与方法补充,便于集中查阅。

注意,关于参数 fromType 和 toType 的转换类型,这里是进行了限定的,必须是以下的几种:

Hi,大家好,我是主讲老师,今天是主讲老师碎碎念的第六期,这期推文的灵感来源于以下

干货预警!!预计阅读时间 10min,建议配上音乐一起食用哦~

Ps:毫不夸张的说,掌握了这个 R 包,基本上整个富集分析就已经掌握了,所以性价比还是十分高

library(ggupset)

主讲老师解读:clusterProfiler 包支持的输入数据建议是 Entrez gene ID,而不建

## GO:0000408 GO:0000408 EKC/KEOPS complex 0 0/207

#这一步需要提供足够大的画板,否则会报错无法出图

#这里建议最好不要把图拼在一起,会因为图展不开而导致分类术语无法显示完全

注意:这里如果出现报错除了画板大小的问题,还有就是 R 包版本的问题,这里我们使用的 R 包版

#直接运行容易报错的原因是画板太小,建议分步展开结果

8.UpSet Plot

upsetplot(edox)

Ps:其实我们常用的富集分析 GO 和 KEGG,这个名称是按照注释来源的数据库来命名的,除此之

#注意这里默认显示的是 p 值最小的,因为我们富集分析得到的结果也是按照 p 值有小到

注意:并不是说富集分析的结果是数据框,而是可以参考数据框的提取子集、列等操作,其实更像

提问:如何筛选满足条件的富集分析结果?

提问:如何按照富集比例(GeneRatio)降序排列富集结果?

提问:如何剔除掉富集分析的一些结果(变量)或者提取某些内容?

提问:除了常见的 GeneRation 和 BgRatio,还有没别的富集分析评价指标?

提问:如何再次筛选富集分析的结果?

提问:如何调整我们富集分析的结果顺序?

主讲老师碎碎念本质上来说是主讲老师的学习笔记,所以各位小伙伴有感兴趣的内容也欢迎

Ps:回复“主讲老师碎碎念 06”可以获得本篇推文的代码以及参考文献哦~

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