注意,关于参数 fromType 和 toType 的转换类型,这里是进行了限定的,必须是以下的几种:
Hi,大家好,我是主讲老师,今天是主讲老师碎碎念的第六期,这期推文的灵感来源于以下
干货预警!!预计阅读时间 10min,建议配上音乐一起食用哦~
Ps:毫不夸张的说,掌握了这个 R 包,基本上整个富集分析就已经掌握了,所以性价比还是十分高
library(ggupset)
主讲老师解读:clusterProfiler 包支持的输入数据建议是 Entrez gene ID,而不建
## GO:0000408 GO:0000408 EKC/KEOPS complex 0 0/207
#这一步需要提供足够大的画板,否则会报错无法出图
#这里建议最好不要把图拼在一起,会因为图展不开而导致分类术语无法显示完全
注意:这里如果出现报错除了画板大小的问题,还有就是 R 包版本的问题,这里我们使用的 R 包版
#直接运行容易报错的原因是画板太小,建议分步展开结果
8.UpSet Plot
upsetplot(edox)
Ps:其实我们常用的富集分析 GO 和 KEGG,这个名称是按照注释来源的数据库来命名的,除此之
#注意这里默认显示的是 p 值最小的,因为我们富集分析得到的结果也是按照 p 值有小到
注意:并不是说富集分析的结果是数据框,而是可以参考数据框的提取子集、列等操作,其实更像
提问:如何筛选满足条件的富集分析结果?
提问:如何按照富集比例(GeneRatio)降序排列富集结果?
提问:如何剔除掉富集分析的一些结果(变量)或者提取某些内容?
提问:除了常见的 GeneRation 和 BgRatio,还有没别的富集分析评价指标?
提问:如何再次筛选富集分析的结果?
提问:如何调整我们富集分析的结果顺序?
主讲老师碎碎念本质上来说是主讲老师的学习笔记,所以各位小伙伴有感兴趣的内容也欢迎
Ps:回复“主讲老师碎碎念 06”可以获得本篇推文的代码以及参考文献哦~