1. 课程安排 本系列课程会以 视频 及 代码 的形式,陆续的上线,欢迎大家进行转发,那么做这个系列的课程的目的主要有两点,一则是帮助大家解决单细胞数据挖掘过程当中遇到的问题,那另一方面呢,受限于本人的知识,在制作期间难免有疏漏,欠妥的地方也希望大家及时给我指出来,大家互相学习,共同进步。课程安排:我们初步将单细胞测序的数据挖掘拆分为 数个模块,课程结束之后从大家可以从最早的数据下机一直到论文当中的图表的绘制,所有问题都会迎刃而解。
课程的安排主要考虑数据分析的先后顺序:第一讲:单细胞测序的简介。第二讲:介绍一些单细胞数据常见输入文件的读取方式。第三讲:本系列课程的精髓,对单样本分析进行初步的质控,初步的可视化,这个过程中大家会掌握许多 R语言及可视化的技巧。第四讲:我们主讲实际分析过程中如何对 多样本 的数据进行 整合。
第五讲,在cluster初步确定之后,利用各类的数据库,比如说cell marker等对细胞的类型进行注释,或者利用 singleR 进行一些自动的利用富集原理的注释。第六讲:教会大家掌握对Seurat分类变量处理技巧。第七讲:这一讲大家在这个研究项目当中的核心目的:寻找差异基因差异 进行可视化。第八讲:通过富集分析了解差异基因背后蕴藏的 生物学意义。第九讲:沉浸式统计细胞比例。第十讲:改造单细胞图形-DimPlot。
第十一讲:改造单细胞图形-VlnPlot。第十二讲:改造单细胞图形-FeaturePlot。第十三讲:改造单细胞图形-DotPlot。第十四讲:改造单细胞图形-DoHeatmap。R语言基础学习手册 你至少需要准备一个 4 线程、 32 GB运行内存的电脑来运行以下程序。实战的数据分析可能需要上百GB的内存,如果你的设备不能满足,可以考虑下列服务器的租赁。
最便宜的版本即可帮助你们完成90%以上的单细胞分析需求(土豪随意):足够支持你完成硕博生涯的生信环境 如何拥有一台服务器,且不用自己搭建维护 为实验室准备一份生物信息学不动产 2. 视频及测试文件 2.1 视频教程 2.2 测试文件 第一讲为绪论,无测试文件