答疑补充 015

第 15 课 · 答疑与补充

TCGA数据的下载与清洗|聚焦本课答疑、作业提醒、报错排查与方法补充

说明:本页汇总与本课相关的答疑、作业提醒、报错排查与方法补充,便于集中查阅。

ttps://portal.gdc.cancer.gov/)以及著名的 UCSC Xena 网站,在这里,我们将一一介绍几种常见的下载

这里需要提醒一下,在数据下载前,首先确认右上角的 Cart 已经清空,防止与上次下载的数据混淆,点

https://portal.gdc.cancer.gov/ 如果进不去网,先听讲,这部分快速过一下。

这里需要注意几点:

2) 对 于 miRNA 的研究数据,在 miRNA Expression Quantification 中选择进行下载,但是,注意

数据是十分友好的,因为与前面方法不同,该方法可以节省出大量整理的时间,但需要注意的是,UCSC

5.在这里,建议大家选择 GDC 入口的 TCGA 数据集

注意中间有个空格,然后回车。

时将其进行替换即可,文件名不需要复制,输入几个字母,然后直接 tab 键会补齐。注意,把文件后缀

取数据框的第四个子集,最终可以得到 TCGA 的 id 号。这里需要注意的是,TCGA 样本的 id 号存在于

可以快速在环境变量中看到相应的表达矩阵和临床信息,尽管使用过程相对方便,但是 一般不建议使

一般来说推荐用 TCGAbiolinks 下载

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