ttps://portal.gdc.cancer.gov/)以及著名的 UCSC Xena 网站,在这里,我们将一一介绍几种常见的下载
这里需要提醒一下,在数据下载前,首先确认右上角的 Cart 已经清空,防止与上次下载的数据混淆,点
https://portal.gdc.cancer.gov/ 如果进不去网,先听讲,这部分快速过一下。
这里需要注意几点:
2) 对 于 miRNA 的研究数据,在 miRNA Expression Quantification 中选择进行下载,但是,注意
数据是十分友好的,因为与前面方法不同,该方法可以节省出大量整理的时间,但需要注意的是,UCSC
5.在这里,建议大家选择 GDC 入口的 TCGA 数据集
注意中间有个空格,然后回车。
时将其进行替换即可,文件名不需要复制,输入几个字母,然后直接 tab 键会补齐。注意,把文件后缀
取数据框的第四个子集,最终可以得到 TCGA 的 id 号。这里需要注意的是,TCGA 样本的 id 号存在于
可以快速在环境变量中看到相应的表达矩阵和临床信息,尽管使用过程相对方便,但是 一般不建议使
一般来说推荐用 TCGAbiolinks 下载