答疑补充 018

第 18 课 · 答疑与补充

GTEx数据库的使用|聚焦本课答疑、作业提醒、报错排查与方法补充

说明:本页汇总与本课相关的答疑、作业提醒、报错排查与方法补充,便于集中查阅。

样本量,既然 TCGA 数据库没有,我们就从其他数据库着手,这里值得大力推荐的 是 GTEx 数据库 (

GTEx.zip ) ,Genotype-Tissue Expression (GTEx) , 即 :https://gtexportal.org/home/。

1). 进入 GTEx 数据库中数据存储界面 https://gtexportal.org/home/datasets;

大文件而设计的,注意了,使用第二种方法的话需要先安装data.table 包。不过,两者得到的结果是一

根据目标基因名字 BTK,进行取子集操作,用了%in%,which函数,不熟悉的注意复习第一天内容。

接着对行名和列名进行修改,注意,设置的行名和列名中间不要存在空格,自己给后面的分析挖一个巨

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