答疑补充 017

第 17 课 · 答疑与补充

TCGA临床基线表整理|聚焦本课答疑、作业提醒、报错排查与方法补充

说明:本页汇总与本课相关的答疑、作业提醒、报错排查与方法补充,便于集中查阅。

这里注意一下这是下载临床数据的相关参数设置,其中,参数 project 与昨天的一样,写入肿瘤名字,

剩下的则是临床数据下载的默认参数,注意区别,接着,使用 GDCdownload 函数来下载数据

筛选-分组-统计,是不是和当时那份作业的内容十分像?去除分期 Stage 中缺失的患者,并按

注意一点的是,记得加上参数 all = TRUE,表示即使另一组为缺失值,这个变量分组依然会保存,举个

注意,使用参数 quote = FALSE 将引号去除,其余默认,可以看到,在当前工作目录下多了一个名为

#[3] "transcribed_unprocessed_pseudogene" "transcribed_processed_pseudogene"

#[5] "transcribed_unitary_pseudogene" "processed_pseudogene"

#[7] "unprocessed_pseudogene" "TEC"

#[9] "polymorphic_pseudogene" "IG_C_gene"

#[11] "IG_V_gene" "IG_V_pseudogene"

#[15] "translated_unprocessed_pseudogene" "snRNA"

#[21] "TR_V_gene" "unitary_pseudogene"

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