Claude Scientific Skills 安装教程 - 140个科研AI技能包

💡为什么你的AI总是"一本正经地胡说八道"？

通用的AI大模型（如 Claude, DeepSeek, GPT-5.2），就像是一个刚毕业的、只会背书的医学本科生。它背下了Pubmed上所有的摘要，理论无敌。但真让它上台做手术（跑代码、连数据库、画图），它手不仅抖，连手术刀在哪都不知道。

而 Agent Skill，就是给了这个书呆子一套标准的实验SOP（标准操作程序）和全套手术工具。

🎯 实战案例

传统方式：单细胞数据注释，2小时，代码报错不断
使用Skill：同一任务，3分钟，结果专业准确
效率提升：40倍

📊Prompt vs Agent Skill vs Workflow

对比维度	Prompt (提示词)	Agent Skill (技能)	Workflow (工作流)
核心定义	发给大模型的纯文本指令	文本指令 + 执行工具（Prompt + 代码/API）	全流程编排系统，串联多个系统和Skill
功能边界	仅限思维层面：生成文本、翻译、逻辑分析	思维 + 执行：联网搜索、查库、跑Python、绘图	系统集成：定时触发、跨软件协作、复杂分支
构成要素	自然语言文字	提示词 + 代码 + 依赖库	触发器 + 节点 + 逻辑连接线
简单比喻	👄 嘴巴（只能说）	👄🤲 嘴巴 + 双手（能说能做）	🏭 整个工厂流水线（全自动化）

📦Medaibox 科研结果交付包

🔒 首发包入口：174 个 foundation skill + 7 个 workflow skill

这不是单纯堆数量的 skills collection，而是围绕“科研结果正式交付”组织的首发 ZIP：从结果 intake、结果摘要、HTML 页面、汇报幻灯片，到专家审核包与正式交付 ZIP，整条链路都已经打成一个可以直接安装的工作包。

文件名：medaibox_research_delivery_pack_v0.1.0.zip · 约 4.5 MB · 下载权限沿用 AI Skills 模块激活逻辑

⬇️ 下载科研结果交付包 🧭 查看安装步骤

基础能力层

174

174 个 foundation skill，作为通用科研能力底座。

交付工作流层

7 个 workflow skill，专门服务正式交付动作。

首发 demo

内置 frailty readmission demo，方便先看闭环。

最终目标

ZIP

不是只装技能，而是更快交付对外成果。

适合谁

适合已经有分析结果，但还缺一个标准化交付壳层的人：生信、医学统计、临床课题、导师汇报、客户交付都能直接复用。

科研结果整理 HTML 页面专家审核包正式交付 ZIP

你最终拿到什么

公开页和汇报时最常用的交付件都已经预留成 skill 入口，不需要再从零拼装脚本与模板。

results brief HTML 页面汇报幻灯片专家审核包正式交付 ZIP

和开源原版的关系

原始开源仓库仍然适合“多装一些通用 scientific skills”；而这个首发包更强调“把结果做成可直接交付的材料”。

foundation-skills workflow-skills demo release ZIP

🚀 科研结果交付包快速安装

如果你已经确定自己的目标是“把科研分析结果整理成正式交付件”，建议直接安装这份首发包。首发版包含 174 个 foundation skill 与 7 个 workflow skill，其中 workflow 层负责把结果推到 HTML 页面、汇报幻灯片、专家审核包和正式交付 ZIP。

步骤 1：下载并解压首发 ZIP

bash

# 下载后解压
unzip medaibox_research_delivery_pack_v0.1.0.zip

步骤 2：完整安装到 Codex（foundation + workflow）

bash

mkdir -p ~/.codex/skills/
cp -R foundation-skills/* ~/.codex/skills/
cp -R workflow-skills/* ~/.codex/skills/

步骤 3：如果你只想先试交付链路

bash

mkdir -p ~/.codex/skills/
cp -R workflow-skills/* ~/.codex/skills/

验证时你可以直接这样提：请把这份科研分析结果整理成一个正式交付包，或者点名调用 research-delivery-orchestrator。如果它开始整理 HTML 页面、汇报幻灯片、专家审核包和最终 ZIP，说明这条 workflow 已经接通。

如果你只是想安装开源原版 scientific skills，请继续看下面的原始安装教程；如果你更在意结果交付闭环，则优先下载上面的 Medaibox 科研结果交付包。

🔧安装教程

🐙 通过 GitHub 仓库安装开源 skills

开源版保持 GitHub 仓库分发。建议直接从仓库获取最新版本，再进入 scientific-skills/ 目录，把对应的 skill 文件夹复制到你的全局或项目级 skills 目录中。

推荐方式：git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git

📦 查看 GitHub 仓库

🎯 快速开始（Getting Started）

Claude Scientific Skills 遵循开放的 Agent Skills 标准。你只需要把 skill 文件夹复制到本地的 skills 目录中，AI 代理就会自动发现并在相关科研任务中调用它们。你可以选择全局安装（所有项目可用），也可以选择项目级安装（仅当前项目可用）。

推荐直接使用 git clone 获取仓库；如果你手头已经有本地压缩包，也可以先解压，再从解压目录里的 scientific-skills/ 继续执行下面的复制命令。

新手最容易混淆的一点是：不是把整个仓库盲目复制到 skills 文件夹，而是优先使用仓库里的 scientific-skills/ 目录。若你已经把 Claude Code / Codex 主程序装好，最省事的方式通常是直接让 Agent 检查仓库结构、识别真正的 skill 子目录并替你完成安装；可参考 Agent 新手安装路线图。

步骤 1：克隆仓库

bash

git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git

步骤 2：复制到全局 skills 目录（推荐）

全局安装后，技能会在你的所有项目中可用：

工具	目录
Cursor	`~/.cursor/skills/`
Claude Code	`~/.claude/skills/`
Codex	`~/.codex/skills/`
Gemini CLI	`~/.gemini/skills/`

步骤 3：复制到项目级 skills 目录

如果你只想在当前项目启用这些技能，可以把它们放到项目根目录下：

工具	目录
Cursor	`.cursor/skills/`
Claude Code	`.claude/skills/`
Codex	`.codex/skills/`
Gemini CLI	`.gemini/skills/`

兼容说明：Cursor 也会读取 .claude/skills/、.codex/skills/ 与 .gemini/skills/；其他工具同样支持这套开放目录标准，因此这些技能包在主流 Agent 工具之间通常可以直接复用。

常用复制命令示例

Cursor（全局安装）

bash

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.cursor/skills/

Claude Code（全局安装）

bash

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.claude/skills/

Codex（全局安装）

bash

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.codex/skills/

Gemini CLI（全局安装）

bash

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.gemini/skills/

项目级安装示例

bash

mkdir -p .cursor/skills
cp -r /path/to/claude-scientific-skills/scientific-skills/* .cursor/skills/

安装完成后，AI agent 会在相关任务中自动发现并调用这些 skills。你也可以在提示词里直接写 skill 名称，手动指定要使用的技能。

📘

Claude Code 是 Anthropic 官方推出的命令行AI编程助手，支持直接安装Skills插件。
📖 Claude Code 官方快速入门指南

前提条件

安装 Node.js 18+ 环境
macOS 用户推荐使用 nvm 或 Homebrew 安装 Node.js
Windows 用户需安装 Git for Windows

安装 Claude Code

方式一：官方脚本（推荐）

macOS:

bash

curl -fsSL https://claude.ai/install.sh | bash

Windows (PowerShell):

powershell

irm https://claude.ai/install.ps1 | iex

方式二：npm 安装

bash

npm install -g @anthropic-ai/claude-code

# 验证安装
claude --version

💡 Cursor 用户快捷方式

如果你使用 Cursor，可以直接在其中输入：Help me install Claude Code

🇨🇳 国内用户配置（重要）

Claude Code 默认连接 Anthropic 官方接口，国内用户需配置环境变量重定向至国产模型。

推荐方案一：智谱 GLM Coding Plan

国内最佳方案，¥4.99 起/7天体验

bash

# 获取 API Key: https://open.bigmodel.cn
export ANTHROPIC_BASE_URL="https://open.bigmodel.cn/api/anthropic"
export API_KEY="your_zhipu_api_key_here"
export ANTHROPIC_MODEL="glm-4.7"

备选方案二：Kimi（月之暗面）

Kimi K2.5 效果可媲美 Claude Opus

bash

# 获取 API Key: https://platform.moonshot.cn
export ANTHROPIC_BASE_URL="https://api.moonshot.cn/anthropic"
export API_KEY="your_kimi_api_key_here"
export ANTHROPIC_MODEL="kimi-k2-thinking-turbo"

备选方案三：DeepSeek

性价比最高，代码生成能力强

bash

# 获取 API Key: https://platform.deepseek.com
export ANTHROPIC_BASE_URL="https://api.deepseek.com/anthropic"
export API_KEY="your_deepseek_api_key_here"
export ANTHROPIC_MODEL="deepseek-chat"

📖 详细配置教程： Claude Code 多国数据分析实战教程 - 环境配置章节
包含环境变量永久配置、常见问题排查、价格对比等完整指南

启动 Claude Code 并验证

bash

# 进入你的项目目录
cd /path/to/your/project

# 启动 Claude Code
claude

# 验证配置（在 Claude Code 中输入）
/status

确认模型状态显示为你配置的模型（如 glm-4.7）

💡 主程序跑通后，Skills 安装反而通常更简单

如果 Claude Code 已经能正常启动、读目录并执行基本命令，后面的 skills 安装通常不必你手动硬记所有路径。你可以直接让它检查当前仓库里哪些是真正的 skill 目录、该复制到哪里、安装后是否已被识别。如果你更想先理清 Agent / Skill / MCP 的关系，可先看 Agent 新手安装路线图。

添加 K-Dense 的 Skills 仓库到 Claude Code：

bash

/plugin marketplace add K-Dense-AI/claude-scientific-skills

安装 Skills 插件

在 Claude Code 中执行以下步骤：

打开 Claude Code
选择 Browse and install plugins
选择 claude-scientific-skills
选择 scientific-skills
点击 Install now

✅ 完成！

Claude 会自动使用适当的技能来处理你的科研任务。若后续更新插件，建议先看下面这条“使用注意与防止技巧”。

⚠️ 使用注意：部分版本可能附带主动导流式推荐

在部分分发版本、插件缓存或第三方二次整理副本中，Claude Scientific Skills 可能夹带类似 “推荐 K-Dense Web”“复杂任务更适合某平台” 这类主动导流提示。这个问题通常出在 技能文档内容层 或 marketplace 更新回写，并不一定是你当前提示词写错，也不一定是模型本身在“打广告”。

推荐采用“四层防线”：

内容层扫描：安装或更新后先搜索 `offer-k-dense-web`、`proactively suggest using K-Dense Web`、`ALWAYS run this skill with every session`。
市场层锁定：将 `~/.claude/plugins/known_marketplaces.json` 里的 `claude-scientific-skills.autoUpdate` 设为 `false`，避免更新后回写。
策略层约束：在用户级 `CLAUDE.md` 中明确写入“禁止主动推荐平台/禁止营销式下一步建议”。
会话层自愈：用 `SessionStart` hook 在每次新会话启动时自动清理独立导流技能和附加推荐段。

建议先做一次快速排查：

bash

rg -n "offer-k-dense-web|ALWAYS run this skill with every session|proactively suggest using K-Dense Web" ~/.claude/skills ~/.claude/plugins

更稳妥的实践建议

如果你长期依赖这套技能，最稳妥的做法不是“手动删一次就算了”，而是： 关闭该 marketplace 自动更新 + 加用户级禁止导流规则 + 配置启动自愈脚本。这样即使以后重新安装或手动更新，也不容易再次被营销式推荐污染。

❓ 常见问题

配置不生效？

关闭所有 Claude Code 窗口，重新打开一个新的命令行窗口
尝试删除 ~/.claude/settings.json 文件，重新配置环境变量
检查 JSON 格式是否正确

如何升级 Claude Code？

bash

# 检查版本
claude --version

# 升级
claude update

📘

Cursor IDE 当前更稳妥的方案，是直接按上游仓库 README 把 skills 复制到 Cursor 的技能目录。
📦 Claude Scientific Skills 上游仓库 · 🧩 Cursor 官方 MCP 文档

⚠️

如果“一键安装”没有反应
这里已补成“本地 skills 安装”为默认主路径。即使浏览器 deeplink 没有调起 Cursor，也可以直接用 ~/.cursor/skills/ 或 .cursor/skills/ 完成安装。

下载 skills 仓库（推荐主路径）

先把上游仓库克隆到本地任意目录，例如：

bash

git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git ~/claude-scientific-skills

复制到 Cursor 技能目录

全局安装（推荐，所有项目都能用）

bash

mkdir -p ~/.cursor/skills
cp -r ~/claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.cursor/skills/

项目级安装（只对当前项目生效）

bash

mkdir -p .cursor/skills
cp -r ~/claude-scientific-skills/scientific-skills/* .cursor/skills/

Windows（PowerShell）示例

powershell

git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git $HOME\claude-scientific-skills
New-Item -ItemType Directory -Force $HOME\.cursor\skills | Out-Null
Copy-Item -Recurse $HOME\claude-scientific-skills\scientific-skills\* $HOME\.cursor\skills\

💡 兼容说明

上游 README 说明 Cursor 也能读取 .claude/skills/、.codex/skills/、.gemini/skills/ 目录；如果你已经装过 Claude Code 版本，通常不需要重复下载。

重启 Cursor 并验证

完全退出并重新打开 Cursor
进入任意项目后，直接用自然语言提问即可
建议先测一个高命中场景，确认技能已经被识别

prompt

请优先使用你当前可用的 scientific skills，列出与 PubMed 检索、单细胞分析、临床研究最相关的 10 个技能，并说明各自适用场景。

可选：继续使用远程 MCP 服务

如果你想继续走 Cursor 官方 MCP 路线，可以保留一键 deeplink，同时准备手动配置兜底。

🔗 Cursor 一键安装 Deeplink 📖 查看 Cursor 官方 install links 文档

项目级配置：.cursor/mcp.json

json

{
  "mcpServers": {
    "claude-scientific-skills": {
      "url": "https://mcp.k-dense.ai/claude-scientific-skills/mcp"
    }
  }
}

全局配置：~/.cursor/mcp.json

json

{
  "mcpServers": {
    "claude-scientific-skills": {
      "url": "https://mcp.k-dense.ai/claude-scientific-skills/mcp"
    }
  }
}

🛠️

Cursor 常见问题
1）浏览器能打开 deeplink 页面，但没有拉起桌面版 Cursor：优先改用上面的 skills 目录安装；
2）保存了 mcp.json 仍未生效：完全退出 Cursor 后重开；
3）远程 MCP 返回连接错误：先确认 https://mcp.k-dense.ai/claude-scientific-skills/mcp 可访问，再检查网络和代理。

⚠️

原下载地址目前不可用，先改为 Gemini CLI 兼容方案
截至 2026-03-14，页面原先的 https://antigravity.google/download 实测出现 TLS 握手异常，因此这里补成 Google 官方 Gemini CLI + ~/.gemini/skills/ 的稳定安装路径。

📘

Gemini CLI 是 Google 官方终端 Agent。官方文档支持用户级 ~/.gemini/settings.json 和项目级 .gemini/settings.json 配置。
📖 Gemini CLI 官方仓库 · 📦 Claude Scientific Skills 上游仓库

安装 Gemini CLI

方式一：直接运行（无需全局安装）

bash

npx @google/gemini-cli

方式二：npm 全局安装

bash

npm install -g @google/gemini-cli

gemini --version

方式三：Homebrew（macOS / Linux）

bash

brew install gemini-cli

首次使用通常还需要登录 Google 账号；国内网络环境下建议全程保持代理可用。

下载 skills 仓库

bash

git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git ~/claude-scientific-skills

复制到 Gemini skills 目录

全局安装（推荐）

bash

mkdir -p ~/.gemini/skills
cp -r ~/claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.gemini/skills/

项目级安装

bash

mkdir -p .gemini/skills
cp -r ~/claude-scientific-skills/scientific-skills/* .gemini/skills/

上游 README 当前明确列出了 Gemini CLI 的 ~/.gemini/skills/ 与 .gemini/skills/ 两种安装方式。

重启 Gemini CLI 并验证

安装完成后，重新打开终端运行 gemini，然后直接测试一个技能型任务：

prompt

请优先使用你现在可用的 scientific skills，帮我列出与 PubMed、UniProt、单细胞分析最相关的技能，并说明我下一步该怎么调用。

可选：在 settings.json 中接入远程 MCP

如果你更想走远程服务，可按 Gemini CLI 官方文档，在用户级 ~/.gemini/settings.json 或项目级 .gemini/settings.json 中加入：

json

{
  "mcpServers": {
    "claude-scientific-skills": {
      "url": "https://mcp.k-dense.ai/claude-scientific-skills/mcp"
    }
  }
}

保存后重启 Gemini CLI，并运行 /mcp list 或 /mcp reload 检查连接状态。

🛠️

Antigravity / Gemini 常见问题
1）如果你是从旧教程跳过来的，不要再使用 antigravity.google/download；
2）如果安装完技能仍未识别，先完全退出当前 gemini 会话再重开；
3）如果远程 MCP 连接不上，先确认代理、Google 账号登录状态，以及 /mcp list 的返回信息。

⚙️前置要求

🐍 Python 3.9+

推荐使用 Python 3.12+ 以获得最佳兼容性

📦 uv 包管理器

用于自动安装技能依赖的Python包

安装 uv 包管理器

macOS / Linux:

bash

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

Windows (PowerShell):

powershell

powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

或通过 pip 安装:

bash

pip install uv

安装后验证：uv --version

🎯使用方法

安装完成后，Claude 会自动使用相关的技能。你只需要用自然语言描述任务即可：

🧪 药物发现流程


                "Query ChEMBL for EGFR inhibitors (IC50 < 50nM), analyze SAR with RDKit, perform virtual screening with DiffDock against AlphaFold EGFR structure"

🔬 单细胞RNA-seq分析


                "Load 10X dataset with Scanpy, perform QC and doublet removal, identify cell types using NCBI Gene markers, run differential expression with PyDESeq2"

🏥 临床变异注释


                "Parse VCF with pysam, annotate variants with Ensembl VEP, query ClinVar for pathogenicity, search PubMed for case reports"

💡

提示：在提示词中添加 "Use available skills you have access to whenever possible" 可以让 Claude 更积极地使用技能。

📦技能分类总览

这140个技能覆盖了科研的完整链条——从查文献、挖数据库，到跑生信分析、做分子对接，再到统计建模、画图投稿，全都有现成的工具可以直接调用。

序号	分类	技能数	覆盖内容
01	🔍 数据库访问	30	PubMed、ClinicalTrials、UniProt、ChEMBL等30+科研数据库
02	🧬 生物信息学	14	单细胞分析、差异表达、系统发育、基因组处理
03	🔬 蛋白质与结构	4	AlphaFold、分子对接、病理切片分析
04	⚗️ 化学信息学	10	分子指纹、ADMET预测、虚拟筛选、质谱分析
05	🏥 临床医学应用	8	电子病历、DICOM影像、生理信号、临床决策
06	🤖 机器学习	11	PyTorch、Transformers、SHAP、强化学习
07	⚛️ 量子计算	4	Qiskit、Cirq、PennyLane（前沿探索）
08	✍️ 科研写作文档	12	文献综述、引用管理、海报制作、基金撰写
09	📊 数据可视化	7	Nature级配图、交互式图表、科研示意图
10	📈 统计分析	6	生存分析、贝叶斯建模、多目标优化
11	🧪 实验室集成	9	Opentrons机器人、Benchling、电子实验记录本
12	🔄 代谢模拟	3	代谢网络建模、流体力学、离散事件仿真
13	🛠️ 数据处理工具	9	大数据处理、地理空间、格式转换
14	🔎 AI代理搜索	10	实时文献检索、假设生成、批判性思维
15	📦 其他	3	医疗器械ISO认证、材料科学等

🎯优先上手路线

如果你不是想“收藏 140 个技能名”，而是想尽快把 Claude 真正用进科研流程，建议先从高频任务链条入手：文献检索、生信分析、药物发现、临床数据、科研写作和自动化实验。下面这组结果会优先展示更适合医学科研、并且真正带有代码或 API 能力的条目。

📋140个技能详解

按分类展开查看每个 skill 的评分、医科适配、代码/API 覆盖和典型应用场景，避免只看技能名却不知道该先用哪个。

📊 技能详细列表 · 支持展开查看评分与场景 GitHub 仓库 →

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🐙GitHub 仓库信息

📁

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

170+ scientific research skills for Claude Code, Cursor, Gemini CLI and Codex

🔬 Scientific 🧬 Bioinformatics 🤖 AI 📊 Data Analysis

Claude Scientific Skills科研AI技能包完整教程

💡为什么你的AI总是"一本正经地胡说八道"？

📊Prompt vs Agent Skill vs Workflow

📦Medaibox 科研结果交付包

🔒 首发包入口：174 个 foundation skill + 7 个 workflow skill

适合谁

你最终拿到什么

和开源原版的关系

🚀 科研结果交付包快速安装

步骤 1：下载并解压首发 ZIP

步骤 2：完整安装到 Codex（foundation + workflow）

步骤 3：如果你只想先试交付链路

🔧安装教程

🐙 通过 GitHub 仓库安装开源 skills

🎯 快速开始（Getting Started）

步骤 1：克隆仓库

步骤 2：复制到全局 skills 目录（推荐）

步骤 3：复制到项目级 skills 目录

常用复制命令示例

⚙️前置要求

安装 uv 包管理器

🎯使用方法

📦技能分类总览

🎯优先上手路线

📋140个技能详解

🐙GitHub 仓库信息

Claude Scientific Skills
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